L'IGEE est localisé à l'École Polytechnique de Montréal. Hydro-Québec finance majoritairement l'Institut. Les autres partenaires industriels y contribuent sous forme de cotisation annuelle. L'École Polytechnique fournit les bureau et les locaux de formation et assure l'entretien de l'infrastructure.
L'IGEE est dirigé par son conseil d'administration, composé de 13 représentants élus par les membres industriels et universitaires. L'administration des affaires académiques est sous la responsabilité du directeur général, supporté par une assistante administrative.
L'Institut a aussi quatre comités (Comité académique, comité d'admission, comité des bourses, comité de vérification) qui assistent le Conseil d'administration dans les affaires courantes.
Le comité académique est composé de représentants des universités et des industries. Il est responsable du programme de formation, des contenus des cours et des affaires académiques.
Le comité d'admission est responsable de la sélection des étudiants parmi les candidatures reçues des universités.
Le comité des bourses s'occupe de la sélection des récipiendaires pour les bourses d'études offertes par Hydro-Québec et les autres partenaires industriels.